Marlin è un pesce pagliaccio che sta per diventare papà: sua moglie Coral ha deposto tante uova, e i due stanno aspettando che si schiudano, sulla Grande Barriera Corallina, nell'Oceano Pacifico. Ma all'improvviso un barracuda li attacca e divora Coral e le uova, Marlin tenta di fermarlo ma il barracuda lo stende e il pesce pagliaccio sviene. Marlin, rimasto vedovo e disperato, scopre però che un uovo si è salvato, e decide di chiamare quell'unico figlio rimastogli Nemo, come era desiderio di sua moglie, e si promette di non fargli succedere mai assolutamente nulla.

Nemo nasce, cresce e nuota, e Marlin riversa su di lui tutte le premure possibili, terrorizzato che si possa far male e che gli possa capitare qualunque cosa anche di poco conto. Tra l'altro Nemo è nato con una pinna atrofica, e questo rende ancora più ansioso il padre. Il primo giorno di scuola di Nemo riempie il padre di grandi preoccupazioni poiché il maestro Ray, un'enorme aquila di mare, ha intenzione di portare Nemo i suoi compagni di classe a fare un salto nel blu ed esplorare l'oceano aperto. Arrabbiato dalla sfuriata del troppo premuroso padre, Nemo, come gesto di ribellione, entra in mare aperto per toccare un motoscafo con la pinna, ma mentre sta tornando indietro viene catturato con un retino da un subacqueo, che poi sale sul motoscafo insieme ad un altro subacqueo e si allontana. Marlin, disperato, tenta l'inseguimento, ma il motoscafo è troppo veloce e le eliche creano un vortice di bolle che impedisce al pesce di avvicinarsi.